Em 1551 o Cardeal D. Henrique, primeiro Arcebispo de Évora, dando mais um passo na prossecução de uma verdadeira reforma apostólica e espiritual da sua diocese, funda na cidade um Colégio da Companhia de Jesus. Uma pequena igreja que existia no coração do claustro veio a ser substituída por este emblemático edifício entre 1566-74, marco fundamental na corrente da arquitectura portuguesa designada de estilo chão e uma das primeiras igrejas jesuítas do mundo.

De ressalvar que algumas afinidades arquitectónicas com a de São Francisco resultam de uma vontade expressa do Cardeal-Infante em a dotar da mesma magnificência daquela igreja palatina concluída pelo pai, D. Manuel. Por exemplo, a inclusão de uma galilé a proteger a entrada exterior revelar-se-ia uma solução única nos templos da ordem.

No interior, a excelência de todo o conjunto artístico e devocional remete em primeiro lugar para a espiritualidade jesuíta. O elevado valor iconográfico e simbólico da pintura mural quinhentista, com particular destaque para toda a composição do tecto da sacristia-nova enquadrando episódios da vida de Santo Inácio de Loiola, articula-se com o enorme efeito dos embrechados de mármore, altares de talha barroca povoados de cartelas figurativas, alegorias, emblemas e inscrições, ou no original púlpito em calcário de lioz e bronze, a sublinhar a vocação daqueles padres para a pregação.

Por outro lado, a existência de peças relacionadas com outras filiações devocionais remete para acontecimentos posteriores. Num primeiro momento decorrentes da expulsão da Companhia de Jesus do país e passagem da igreja para a Ordem Terceira de São Francisco (1776-1834), e depois, consequência da extinção das Ordens Religiosas, da atribuição da sua tutela à Casa Pia (1836-1957), tendo por fim sido entregue ao Seminário Arquidiocesano em 1959.

Actualmente panteão dos arcebispos de Évora, segundo tradição iniciada pelo Cardeal-Rei que a escolheu como última morada, apesar de ali não ter sido sepultado por inesperadamente ter ascendido ao trono de Portugal, acolhe três ilustres arcebispos eborenses: Frei Manuel do Cenáculo, D. David de Sousa e D. Maurílio de Gouveia.

A obra de reabilitação de 2020-23, para além de possibilitar o acesso público a espaços antes reservados, veio restituir toda a plenitude à Igreja do Espírito Santo, designadamente na valorização da sua dimensão histórica e litúrgica, devolvendo-lhe importantes exemplares de pintura mural ou no restauro integral de um valioso órgão do século XIX de Aristide Cavaillé-Coll.